100-man no Inochi no Ue ni Ore wa Tatteiru berpusat pada Yotsuya Yuusuke yang merupakan Otaku yang memiliki kepribadian penyendiri. Sifat dia yang hidup males mati gak mau dan lebih suka bermain video game ketimbang bergaul dengan teman-temannya sekolahnya. Pada suatu hari Yuusuke merasa sangat aneh karena dua teman sekelasnya Hakozaki Kusue dan Shindou Iu memperhatikan dia dari pagi.

Ya benar saja dia telah dipindahkan ke dunia aneh dan tidak dikenal yang dihuni oleh makhluk mitologi. Begitu siapa saja yang tiba, dia akan bertemu seseorang yang menyebut dirinya Game Master yang kemudian memberi mereka misi terbatas. Untuk membantu mereka dalam misi ini; dia juga menganugerahkan Shindou dan Hakozaki dengan peran Penyihir dan Prajurit. Sementara Yotsuya secara acak diberikan peran sebagai … Petani ?!

Beginilah kehidupan petualangan yang sibuk dimulai untuk tiga siswa yang sekarang tidak punya pilihan. Selain menyelesaikan misi acak untuk beberapa fase di dunia fantasi jika mereka ingin tetap hidup dan melindungi dunia nyata dari iblis dan monster yang mereka temui.