Sousei no Aquarion: Myth of Emotions Enoshima adalah sebuah pulau kecil yang terapung di Laut Shonan, dikelilingi pantai-pantai yang indah dan suasana yang tenang. Di pulau ini, berdiri Akademi Swasta Enoshima, sebuah sekolah bergengsi yang menarik siswa-siswa berbakat dari seluruh negeri. Dengan fasilitas canggih, sekolah ini menyediakan pendidikan khusus untuk anak-anak berbakat.

Di antara para siswa, ada Sakko, Rimiya, dan Toshi, yang terpilih untuk bergabung dengan kelas khusus bernama “Elemen.” Tugas mereka adalah mengoperasikan “Mesin Vektor,” pesawat tempur unik yang digerakkan oleh kekuatan emosi. Mereka harus menghadapi ancaman dari “Mythical Beasts,” makhluk misterius yang menyerang sebagai senjata invasi.

Dalam perjalanan mereka, anak-anak ini dipaksa menghadapi takdir yang membebani mereka, sambil perlahan mengungkap kebenaran alam semesta. Konflik ini menjadi semakin rumit ketika sebuah organisasi misterius bernama Space Egg Society dan rencana para orang dewasa mulai terungkap.