Sousei no Aquarion Alkisah, suatu ras yang dikenal sebagai Malaikat Bayangan menyerang kekuatan hidup Bumi dari semua yang menghuni planet ini. Berkat beberapa mukjizat yang keterlaluan, Malaikat Bayangan menjadi tidak aktif, dan umat manusia mampu hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tapi 11 tahun setelah bencana yang dijuluki Genesis Suci dibawa ke bumi, para Malaikat Bayangan diaduk dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi.

Untuk memberi umat manusia kesempatan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai DEAVA dibentuk, dan menggunakan senjata robot bernama Aquarion telah disahkan. Agar Aquarion dapat dibawa ke kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi prestasi yang sedikit orang bisa capai. Dengan demikian, pencarian untuk apa yang disebut ‘Pengguna Elemen’ diprioritaskan, berharap untuk memastikan masa depan umat manusia.

Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda yang hampir muda dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai pahlawan reinkarnasi legendaris. Setelah Malaikat Bayangan, Apollo memilih untuk menjadi pilot Aquarion. Akankah dia mampu mengubah gelombang perang, dan ancaman kemanusiaan gratis dari Malaikat Bayangan untuk selamanya dan untuk selamanya?