Blue Gender: The Warrior Ini adalah masa kekacauan. Bumi tidak lagi seperti dulu. Itu telah dihinggapi serangga seperti spesies yang disebut Blue. 20 tahun yang lalu Yuji Kaido, yang memiliki penyakit misterius, mati suri sampai obatnya ditemukan. Ketika dia bangun, Yuji mengetahui bahwa sudah lebih dari 20 tahun sejak dia mengalami mati suri, dan dunia sekarang dikendalikan oleh makhluk-makhluk ini. Dia kemudian memutuskan untuk bergabung dengan sekelompok tentara yang bertempur melawan Biru untuk harapan masa depan yang lebih baik.