Bomberman B-Daman Bakugaiden Victory merupakan kelanjutan dari seri B.B-Daman Bakugaiden. Cerita dimulai ketika Shiro Bom dan Ao Bom bergabung dengan pasukan penjaga perdamaian B-da Union yang bertugas melindungi keamanan dunia B-daman.

Suatu hari, mereka melihat sebuah pesawat luar angkasa dikejar oleh bajak laut luar angkasa hingga akhirnya jatuh di daerah terpencil. Di lokasi kecelakaan, mereka menemukan seorang putri kerajaan yang kerajaannya telah diserang, terbaring di samping sebuah permata bercahaya bernama Crysmond.

Crysmond bukanlah permata biasa. Benda misterius ini memiliki kekuatan besar dan menjadi target utama kelompok jahat Devil Veder. Menyadari bahaya yang mengancam, Shiro Bom dan Ao Bom bekerja sama dengan Kiiro Bom dan Kuro Bom untuk melindungi Crysmond dari tangan musuh. Petualangan pun dimulai. Keempat B-daman harus menghadapi berbagai pertempuran, jebakan, dan musuh kuat demi menjaga perdamaian serta mencegah kekuatan Crysmond jatuh ke tangan yang salah.