Dead Leaves bercerita tentang Pandy dan Retro terbangun telanjang tanpa ingatan masa lalu mereka. Mereka melakukan kejahatan yang menghancurkan untuk mencari makanan, pakaian dan transportasi, tetapi ditangkap oleh pihak berwenang dan dikirim ke penjara bulan yang terkenal bernama Dead Leaves. Ketika dipenjara, mereka dengan cepat menemukan bahwa Dead Leaves juga merupakan fasilitas kloning rahasia. Ditempati oleh penjaga jahat dan eksperimen genetika yang cacat. Kekacauan dan hiruk pikuk kekerasan terjadi ketika mereka mengatur istirahat penjara dengan bantuan sesama tahanan mutan mereka.