Escha Chron ini bercerita mengenai dua gadis , Escha dan Chron yang memiliki karakter yang saling bertolak berlakang antara satu dengan yang lain selayaknya matahari dan bulan . Kedua gadis tersebut berasal dari “Terminal” , dunia masa depan pasca-apokaliptik yang kosong dan monokrom. Mereka melintasi dunia dan tiba di masa sekarang, yang mereka sebut “Transit” . Masa depan Terminal sedikit demi sedikit mulai lebih hidup seiring bertambahnya pengetahuan Escha dan Chron dalam mengenal berbagai hal di dunia nyata .