Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone bercerita setelah serangan kedua, yang tersisa dari Jepang hanyalah Tokyo-3, sebuah kota yang diserang oleh makhluk raksasa yang berusaha untuk memusnahkan manusia, mereka di sebut dengan kode Angel. Setelah tidak bertemu dengan ayahnya selama lebih dari delapan tahun, Shinji Ikari menerima telepon dimana dia disuruh segera datang ke Markas Besar NERV, sebuah organisasi yang menangani serangan Angel yang menggunakan sebuag senjata rahasia yang disebut EVA. Tujuan Shinji adalah untuk mengendarai Unit EVA 01 saat bekerja sama dengan pilot EVA Unit 00, Ayanami Rei.