Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo bercerita empat belas tahun setelah serangan Ketiga, Bumi adalah tempat yang menyeramkan, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji kenal. Terperangkap di dalam Unit Evangelion-01, dia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka dan Mari, hanya untuk menemukan dirinya sebagai tahanan Wille, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan penjaga Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya melihatnya dengan curiga dan menolak untuk mendukungnya saat dia menghadapi konsekuensi dari tindakannya.

Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari Wille oleh Rei dan kembali ke markas Nerv. Di sana, dia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang perang Nerv dengan Malaikat. Tapi istirahat singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuhnya tidak lagi Malaikat tapi mantan rekan seperjuangan. Dalam konfrontasi pahit ini untuk menentukan masa depan dunia, Shinji akan belajar langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.