Fairy Gone Cerita berlatar belakang di dunia di mana keberadaan peri itu nyata dan hidup di dalam tubuh binatang, mengakibatkan binatang tersebeut mempunyai kekuatan khusus. Dengan cara memindahkan dan mencangkokkan organ-organ binatang ke tubuh manusia, menjadikan manusia mampu memanggil peri dan menggunakannya sebagai senjata. Mereka itu disebut sebagai “Prajurit Peri”. Setelah perang yang panjang, para prajurit kembali ke kehidupan normal. Ada yang di pemerintahan, mafia, bahkan ada yang menjadi teroris. Masing-masing menjalani kehidupan mereka sendiri.

Cerita dimulai 9 tahun setelah perang berakhir. Maria adalah anggota baru “Dorothea”, sebuah organisasi investigasi untuk menangani kasus penindasan dan insiden terkait dengan peri. Walau dunia sudah damai, namun pemerintahan belum stabil. Konflik karena luka lama saat peperangan masih membekas. Ini adalah kisah para Prajurit Peri yang berusaha mencari keadilan mereka pasca perang yang kacau balau. Sebetulnya udah ketahuan juga kalau anime ini akan kepotong satu musim. Gimana kisah selanjutnya?