FLCL Progressive setelah 17 tahun anime ini ada kelanjutannya . Musim baru bagi FLCL, bertahun-tahun telah berlalu sejak Naota dan Haruhara Haruko berbagi petualangan mereka bersama . Sementara itu , perang antara dua entitas yang dikenal sebagai Medical Mechanica dan Fraternity mengamuk melintasi galaksi . Masuki Hidomi, seorang gadis remaja muda yang percaya tidak ada hal yang istimewa dari kehidupannya yang seperti anak biasa pada umumnya, kehidupannya pun berubah sampai suatu hari ketika seorang guru baru bernama Haruko tiba di sekolahnya . Tak lama kemudian , Medis Mechanica menyerang kotanya dan Hidomi menemukan rahasia di dalam dirinya yang bisa menyelamatkan semua orang , sebuah rahasia besar yang hanya bisa dibuka oleh Haruko .