Gibiate berlatar belakang di Jepang, pada tahun 2030 . Dan Bumi telah sepenuhnya dibanjiri oleh penyakit virus bernama “Gibia” yang mengubah orang yang terinfeksi menjadi berbagai monster. Yang berbeda, berdasarkan usia, jenis kelamin dan ras. Seorang samurai dan ninja dari periode Edo awal melakukan perjalanan melalui waktu. Dan tiba di Jepang yang hancur untuk membantu seorang profesor yang bekerja pada obat untuk virus.

Bersama-sama, mereka melawan monster Gibia yang tak terhitung jumlahnya, penjahat, dan musuh sengit lainnya dalam perjalanan mereka untuk menyelamatkan umat manusia.