Godzilla: Kaijuu Wakusei adalah seri pertama dari triologi seri movie yang ada , ceritanya sendiri pada masa depan secara mengejutkan semua monster yang bersembunyi selama jutaan tahun mulai muncul satu per satu ke atas permukaan . Hal tersebut menyebabkan krisis besar pada manusia , kerusakan terjadi di mana-mana dan ratusan ribu manusia terbunuh dan luka-luka berat , Ketika umat manusia mulai depresi secara mengejutkan datang sebuah bangsa dari luar sana yang menawarkan bantuan untuk menghabisi monster yang ada di dunia dengan syarat mereka boleh tinggal di bumi ketika bumi sudah aman . Tapi siapa yang mengira kekuatan moster yang ada terutama Godzilla tidak mudah untuk di kalahkan , walaupun manusia sudah dapat bantuan dengan teknologi yang maju tetap kalah telak melawan moster kuat tersebut . Pada akhirnya tidak ada pilihan lain bagi umat manusia, di bantu dengan sekutu mereka yang dari luar angkasa memutuskan untuk meninggalkan bumi dan mencari pelanet lainnya , karena bumi sudah tidak mungkin di tinggali oleh umat manusia .

Setelah beberapa tahun berlalu , akhirnya umat manusia tersadar , kalau di luar sana sangat lah dingin dan berbahaya , seiring berjalannya waktu air, makanan bahkan oksigen mulai menipis , banyak orang yang stress lalu bunuh diri . Dari segala pertimbangan tersebut akhirnya para petinggi memutuskan untuk kembali ke bumi dan melawan para monster yang ada, terutama membunu Godzilla !