Hadashi no Gen 2 Tiga tahun telah berlalu sejak pengeboman Hiroshima dan Gen sekarang menjadi siswa kelas empat. Hiroshima masih menjadi reruntuhan, dan Gen harus mencari besi tua untuk membantu menghidupi dirinya dan keluarganya. Ketika ibunya berangsur-angsur jatuh sakit karena penyakit radiasi, Gen dan Ryuta berteman dengan sekelompok anak yatim yang dipimpin oleh seorang anak yang lebih tua dan keras kepala. Dan termasuk seorang gadis yang masih memiliki bekas luka bakar yang buruk dari hari bom.

Seorang lelaki tua yang menderita depresi juga tertarik ke dalam kelompok itu ketika mereka berkumpul untuk saling mendukung dan membentuk kelompok. Namun, masih banyak kenyataan yang menyakitkan, banyak anak-anak yatim-piyatu yang meninggal akibat radiasi dalam keadaan sendirian.