Haibara-kun no Tsuyokute Seishun New Game Kisah ini mengikuti perjalanan Natsuki Haibara, seorang gadis kuliahan semester akhir yang mengalami kecemasan sosial dan dipenuhi penyesalan tentang masa SMA-nya. Baginya, masa remaja yang seharusnya indah justru terasa penuh kegagalan dan kesepian.

Suatu hari, hal tak terduga terjadi. Haibara tiba-tiba kembali ke masa tujuh tahun lalu, tepat satu bulan sebelum ia memulai kehidupan SMA. Kesempatan ini memberinya peluang untuk memperbaiki semua kesalahan yang dulu ia buat. Dengan pengalaman dari masa depan, Haibara bertekad untuk mengubah hidupnya. Ia ingin menjadi lebih percaya diri, memperbaiki hubungan sosial, dan bahkan berusaha meraih hati gadis yang ia sukai. Namun, jalan yang harus dilalui tidaklah mudah.

Haibara harus menghadapi berbagai tantangan, mulai dari membangun kebiasaan baru seperti berolahraga, mengikuti panduan pengembangan diri, hingga memperbaiki hubungannya dengan teman masa kecil. Semua itu dilakukan demi menghindari masa depan kelam yang pernah ia alami. Kini, dengan tekad kuat dan kesempatan kedua di tangannya, Haibara memulai kembali masa remajanya. Apakah ia berhasil mengubah nasib dan meraih kehidupan SMA yang lebih baik, atau justru kembali terjebak dalam kesalahan yang sama?