Ninja Hattori-kun menceritakan kehidupan Kanzo Hattori, seorang ninja cilik yang datang dari Desa Iga untuk tinggal bersama keluarga Mitsuba di kota. Meski masih berusia muda, Hattori memiliki kemampuan ninja yang luar biasa dan selalu siap membantu orang-orang di sekitarnya.

Di rumah barunya, Hattori berteman dengan Kenichi Mitsuba, seorang anak yang sering mengalami berbagai masalah dalam kehidupan sehari-hari. Mulai dari kesulitan di sekolah, menghadapi teman-temannya, hingga mencoba menarik perhatian gadis yang ia sukai. Dengan berbagai jurus ninja dan alat rahasianya, Hattori selalu berusaha membantu Kenichi menyelesaikan masalah tersebut.

Namun, bantuan Hattori sering kali berujung pada kejadian lucu dan kekacauan yang tidak terduga. Ditambah lagi dengan kehadiran Shinzo, adik Hattori yang menggemaskan, serta musuh bebuyutannya Kemumaki, seorang ninja usil yang kerap membuat masalah, kehidupan mereka menjadi semakin seru dan penuh tawa.