Hunter x Hunter 1999 adalah jenis pekerjaan yang sangat menjanjikan di dunia ini namun juga berbahaya. Seorang hunter dapat dengan bebas; keliling dunia, memasuki tempat-tempat yang dilarang bagi orang yang bukan hunter, menangkap penjahat, mencari harta tersembunyi. Jadi tidak lah heran jika semua orang ingin menjadi hunter, termasuk Gon.

Gon adalah anak berusia 12 tahun yang ingin menjadi hunter agar dapat bertemu dengan ayahnya yang juga seorang hunter profesional. Agar dapat mengikuti ujian hunter, dia meninggalkan rumahnya di pulau Fujira dan berpetualang menuju tempat ujian. Dalam petualangannya Gon bertemu dengan berbagai orang dan dia akrab dengan Kurapika, calon dokter bernama Leorio, dan Killua. Mereka bertiga akan menyelesaikan ujian sebagai hunter dan berpetualang bersama-sama.