Jin-Roh: The Wolf Brigade bercerita setelah menyaksikan aksi seorang gadis teroris meledakan dirinya sendiri , membuat seorang Polisi Anti Teror Kazuki Fuse mengubah kepribadiannya karena rasa bersalah nya dan dipaksa untuk menjalani pelatihan kembali untuk posisinya di Unit Khusus Kepolisian yang menangani teror . Namun , tidak diketahui olehnya, dia menjadi pemain kunci dalam perselisihan antara pasukan kepolisian pusat dengan kepolisian daerah , kerena dia sekarang semakin masuk kedalam masalah yang berusaha dia hindari yaitu terlibat konflik dengan kakak perumpuan yang adik nya melakukan bunuh diri tersebut.