K: Missing Kings bercerita satu tahun setelah kejadian yang mengerikan di akademi yang hilangnya Shiro dan Raja Perak serta jatuhnya pedang Raja Merah yang mengakibatkan kerusakan besar dan terbunuhnya Raja Merah. Kurou Yatogami dan Neko terus mencari keberadaan Shiro yang secara tiba-tiba menghilang tanpa jejek dan secara bersamaan Maskot dan Loli satu-satunya dari anime ini Anna Kushina yang memiliki kekuatan mencari orang di incar oleh Clan Hijau yang di suruh langsung oleh Raja Hijau untuk mencari keberadaan Shiro.

Di seri Movie ini akan muncul Raja Merah yang baru yang akan memperkuatkan kembali clan merah yang sudah lebih dari setahun kehilangan Rajanya. Siapakah Raja merah pengganti Mikoto Suou? Dan apakah Anna bisa selamat dari serangan anggota clan hijau?