Kaijuu no Kodomo (Children of the Sea) semua kehidupan yang ada di darat berawal dari lautan, itu lah yang di pahami beberapa orang. Cerita dari anime ini akan berpusat pada kisah seorang anak yang sangat menyukai binatang laut Ruka.

Kalau ceritanya sendiri Ketika Ruka masih kecil, ia melihat hantu dalam air di akuarium tempat ayahnya bekerja. Sekarang ia merasa memiliki ketertarikan terhadap akuarium itu serta dua anak laki-laki misterius yang ia temui di sana; Umi dan Sora. Mereka dibesarkan oleh duyung dan mereka mendengar lagu misterius dari laut seperti layaknya Ruka. Ayah Ruka dan orang dewasa lainnya hanya menyadari sedikit dari apa yang anak-anak itu rasakan ketika mereka terlibat dalam misteri dunia bawah laut.