Movie Kara no Kyoukai Chapter 5  bercerita pada bulan November 1998, sebuah pembunuhan ganda terjadi di kompleks apartemen Ogawa yang baru dibangun di jantung kota Mifune. Si pembunuh Tomoe Enjou, telah melarikan diri dengan panik. Yang anehnya dia tidak dikejar oleh polisi dan kabar kejadian belum dilaporkan melalui media. Setelah Shiki Ryougi membela Tomoe dari sekelompok preman, dia mengizinkannya untuk menggunakan tempat tinggalnya sebagai tempat persembunyian. Namun, beberapa hari kemudian, Tomoe kaget bukan main mengetahui kalau ibunya masih hidup, meski dia yakin bahwa membunuhnya dia bunuh.

Secara kebetulan, Mikiya Kokutou sedang menyelidiki apa yang diasosiasikan oleh rekannya Touko Aozaki sehubungan dengan pembunuhan di kompleks apartemen itu. Saat dia menemukan lebih banyak informasi tentang kejadian tersebut, Mikiya menaruh minat khusus pada Tomoe. Memutuskan untuk menyelidiki dia lebih lanjut, Mikiya segera menemukan kebenaran mengganggu kompleks Ogawa kuno.

Movie kelima dari seri Kara No Kyoukai ini akan menjadi penghubung anatara seri lainnya yang masih memilliki banyak misteri.