Movie Kara no Kyoukai Chapter 7 Part B akan memfokuskan kejadia di Movie “Kara no Kyoukai Chapter 2 Part A” yang masih menceritakan serangkaian pembunuhan telah dilakukan Shiki Ryougi dan Mikiya Kokutou pada bulan Februari 1999. Kejahatan-kejahatan ini berbagi kemiripan yang mengganggu dengan serangkaian pembunuhan serupa dari tahun 1995, ketika Shiki dan Mikiya pertama kali bertemu, dan membangunkan hasrat pembunuh gelap yang telah terbengkalai di dalam jiwa Shiki sejak saat itu.

Dengan Shiki dicurigai karena keterlibatannya dalam pembunuhan terakhir dan diduga mirip dengan si pembunuh, dia dan Mikiya mulai menemukan pelaku sebenarnya. Di tengah penyelidikan mereka yang terpisah, Mikiya tumbuh semakin memperhatikan kesejahteraan Shiki dan segera mencarikan yang bertanggung jawab untuk melindungi Shiki dari dorongan hatinya sendiri. Dengan memimpin yang diterimanya dari sepupunya, penyidik polisi Daisuke Akimi, Mikiya dibawa ke perut kota Mifune, karena keselamatan jiwa Shiki terletak pada tekadnya untuk membuktikan bahwa dia tidak bersalah untuk selamanya.