Kidou Senkan Nadesico: The Prince of Darkness mengambil latar beberapa tahun setelah peristiwa dalam serial Kidou Senkan Nadesico. Perang antara manusia dan Jovian Lizards telah berakhir, tetapi dunia masih jauh dari damai. Teknologi canggih seperti Boson Jump telah berkembang pesat, namun ancaman baru mulai muncul dari bayang-bayang.

Akito Tenkawa dan Yurika Misumaru, yang sebelumnya menjadi pahlawan perang, menghilang secara misterius. Sementara itu, Ruri Hoshino, yang dulu menjadi operator kapal, kini telah menjadi kapten kapal perang Nadesico B. Saat kelompok misterius yang dikenal sebagai “Martian Successors” mulai bergerak, Ruri dan kru barunya harus menghadapi konspirasi berbahaya yang mengancam perdamaian.

Dengan aksi yang lebih gelap, nuansa serius, dan misteri mendalam, The Prince of Darkness membawa Nadesico ke dalam konflik baru yang lebih kompleks, di mana kebenaran tentang Akito dan Yurika akhirnya terungkap.