Jinzou Ningen Kikaider The Animation Cerita berpusat pada Jiro, seorang manusia buatan (android) ciptaan Dr. Komyoji, ilmuwan jenius yang menghilang secara misterius. Jiro diprogram dengan “sirkuit nurani” yang memungkinkannya membedakan antara benar dan salah sesuatu yang tidak dimiliki android lain buatan organisasi jahat DARK.

Setelah Dr. Komyoji lenyap, Jiro memulai perjalanan untuk melindungi anak-anak sang ilmuwan, Mitsuko dan Masaru, sambil menghadapi serangan dari robot-robot DARK yang dikirim untuk menghancurkannya.

Namun, di balik pertarungan fisik, Jiro bergulat dengan pertanyaan eksistensial: Apakah ia hanya mesin, atau bisa menjadi lebih dari itu? Dengan ingatan yang kabur dan nurani yang terus bertentangan dengan program dasarnya, Jiro harus menentukan jalannya sendiri.