Kill Ao Kisah ini mengikuti Juzo Ogami, seorang pembunuh bayaran legendaris yang dikenal tak pernah gagal dalam setiap misinya. Namun, hidupnya berubah drastis setelah sebuah kejadian aneh—ia disengat serangga misterius dan tiba-tiba terbangun dalam tubuh anak laki-laki berusia 13 tahun. Belum sempat memahami situasi yang terjadi, Juzo justru menerima perintah baru dari atasannya: menyusup ke sebuah sekolah menengah pertama. Kini, ia harus menjalani kehidupan sebagai siswa biasa, meninggalkan dunia gelap yang selama ini ia kenal.

Di sekolah, Juzo dihadapkan pada berbagai hal yang tidak kalah menantang, mulai dari teman sekelas dengan kepribadian unik hingga situasi khas masa remaja yang membingungkan. Di sisi lain, ancaman dari dunia bawah tanah masih mengintai, karena keberadaannya mulai terendus oleh para pembunuh lain. Sambil berusaha beradaptasi dengan kehidupan barunya, Juzo juga mencari cara untuk kembali ke tubuh aslinya. Namun, pertanyaannya—apakah ia bisa kembali seperti semula, atau justru terjebak dalam kehidupan barunya?