Lupin Zero Lupin III, seorang siswa SMP yang bosan di Tokyo, lalu tertarik pada Jigen Daisuke muda, seorang penembak jitu yang misterius dan mengesankan. Lupin III memulai percakapan dengan Jigen di klub malam, namun selama pembicaraan mereka, Jigen menyimpulkan bahwa Lupin III hanyalah bocah beruntung dan naif dari keluarga kaya dan tidak ingin berhubungan dengannya. Namun, saat membantu penyanyi klub malam Youko-san, yang dikejar oleh yakuza, Jigen mengetahui bahwa Lupin III adalah keturunan pencuri legendaris…