Magic Knight Rayearth Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, dan Fuu Hououji adalah orang asing yang disatukan oleh takdir ketika mereka bertemu selama kunjungan lapangan yang tampaknya normal ke Menara Tokyo. Ditemani oleh kilatan cahaya yang besar, mereka mendengar permohonan seorang wanita misterius untuk menyelamatkan “Cephiro,” dan para pahlawan wanita SMP tiba-tiba tersapu oleh seekor ikan terbang raksasa. Setelah itu, mereka tiba di tanah yang tidak dikenal, di mana mereka bertemu dengan seorang pria bernama Master Mage Clef.

Clef memberi tahu gadis-gadis itu bahwa mereka dipanggil oleh Putri Emeraude untuk memenuhi takdir mereka sebagai Ksatria Sihir, memulihkan kedamaian dan keseimbangan di Cephiro. Tanah yang sebelumnya hidup dan damai telah menjadi kacau sejak Imam Besar Zagato memenjarakan sang putri, yang bertindak sebagai pilar stabilitas Cephiro. Ksatria Sihir dengan enggan menerima kata-kata Clef sebagai kebenaran dan memulai perjalanan untuk menyelamatkan Cephiro dari cengkeraman kejahatan.