Mata Korosarete Shimatta no desu ne, Tantei-sama Kisah ini mengikuti Sakuya Otsuki, seorang siswa SMA yang merupakan anak dari detektif legendaris. Ia berusaha mengikuti jejak ayahnya dengan menjadi detektif, ditemani oleh asistennya yang setia, Lilithea. Namun, Sakuya memiliki “keahlian” yang tidak biasa. Setiap kali terlibat dalam sebuah kasus, ia justru selalu berakhir menjadi korban pembunuhan. Alih-alih menyelidiki dari luar, Sakuya malah terjebak langsung di tengah kejadian sebagai korban.

Suatu hari, ia mendapat misi untuk menyusup ke sebuah kapal pesiar mewah. Namun seperti yang sudah sering terjadi, Sakuya kembali kehilangan nyawanya di tengah kasus tersebut. Anehya, setiap kali ia terbangun kembali, Lilithea selalu ada di sisinya, siap membantu mengungkap misteri di balik kematiannya. Dengan kondisi unik ini, Sakuya harus memanfaatkan setiap “kematian” sebagai petunjuk untuk memecahkan kasus. Bersama Lilithea, ia berusaha mengungkap kebenaran di balik setiap insiden, sekaligus mendekati tujuannya menjadi detektif hebat.