Medarot Damashii musim kedua dari anime Medabots melanjutkan petualangan seru Ikki dan partner robotnya, Metabee, dalam dunia penuh aksi dan kompetisi robot tempur. Kali ini, mereka dihadapkan pada ancaman baru dari musuh misterius bernama Jinkai dan kelompok Death Medabots, robot-robot kuat yang memiliki kekuatan destruktif luar biasa.

Bersama teman-temannya, Nae dan Erika, Ikki berusaha mengungkap rencana jahat di balik kemunculan Death Medabots sambil terus berlatih untuk menjadi Medafighter terbaik. Pertarungan mereka tidak hanya menguji kemampuan, tetapi juga kekuatan persahabatan antara manusia dan Medabot.