Mermaid Melody Pichi Pichi Pitch Pure melajutkan dari cerita sebelumnya bedanya dari seri sebelumnya adalah musuh mereka. Kalau di seri sebelumnya musuh mereka adalah Gaito, di episode kali ini musuh mereka adalah Mikeru. Mikeru merupakan musuh Mermaid yang berbentuk seperti malaikat.

Sinopsis lengkapnya kurang lebih seperti ini beberapa Mermaid Princess telah kembali ke kerajaan mereka masing-masing. Seira, sang penjaga baru dari mutiara oranye pun ditunjukkan di musim kedua. Tapi, dia belum lahir; hanya semangat yang ada dalam mimpi Lucia. Agar Seira dapat lahir, Lucia harus mengumpulkan pecahan hatinya. Tetapi, sebelum hal ini terjadi, hatinya, telah dicuri oleh seorang malaikat kuno bernama Michel. Lucia (bersama-sama dengan Hanon dan Rina) berjanji akan mengumpulkan potongan hatinya, meskipun dia akan menghadapi musuh yang hampir tak terkalahkan. Lalu, diakhir cerita, Seira berhasil bangkit dan menempuh hidup baru sebagai putri duyung dari Laut Hindia dan siswi SMP. Di akhir cerita, semua karakter juga bernyanyi bersama. Semuanya sangat senang bernyanyi bersama, terutama yang hidup dalam kegelapan.