Mononoke Movie: Dai-2 Shou – Hinezumi cerita ini berlangsung satu bulan setelah kejadian di movie sebelumnya. Sang Penjual Obat Misterius masih berada di Ōoku, bagian istana Edo tempat para selir kaisar tinggal. Kehadirannya membuat Sakashita, seorang penjaga lama, merasa terganggu. Namun, Penjual Obat tahu bahwa tugasnya di sana belum selesai.

Di dalam Ōoku, suasana menjadi tegang karena Fuki Tokita, seorang rakyat biasa yang menjadi selir kaisar, sering dipilih untuk menemani sang kaisar. Hal ini menimbulkan kecemburuan para selir lain, terutama Botan Ōtomo, pengelola baru Ōoku. Botan membuat aturan yang membatasi pertemuan Fuki dengan kaisar, sementara ayahnya, Penasihat Ōtomo, diam-diam bersekongkol untuk menyingkirkan Fuki demi menjaga kekuasaan dan kemurnian garis keturunan kerajaan.

Masalah memuncak ketika seorang selir bernama Sayo tewas terbakar dari dalam setelah menghina Fuki. Penjual Obat menyadari bahwa penyebabnya adalah mononoke berbentuk kawanan tikus yang melindungi ibu hamil dari orang-orang yang ingin mencelakainya. Kini, Fuki yang sedang mengandung anak kaisar menjadi sasaran intrik, kecemburuan, dan roh-roh berbahaya. Sang Penjual Obat harus menemukan Bentuk, Kebenaran, dan Alasan di balik mononoke ini agar dapat mengusirnya dengan Pedang Suci miliknya.