Moyashimon Seorang yang bernama Tadayasu merupakan mahasiswa baru lulus dan dapat melihat, berbicara dengan bakteri chibi dan organisme kecil lainnya. Ini belum tentu menyenangkan dan permainan seperti kedengarannya. Bergabung Tadayasu saat ia memasuki tahun pertama di Universitas Pertanian, apa hal gila yang menunggunya?

Moyashimon Returns Pada season kedua cerita berlanjut persis di mana ia tinggal sebelumnya. Profesor Itsuki Fermentasi Cellar dan laboratorium yang siap beroperasi dan dengan keahlian unik Sawaki Tadayasu untuk melihat dan berkomunikasi dengan mikroba untuk membantu, kelompok siswa Itsuki mulai memproses produk fermentasi yang berbeda seperti kecap dan sake.