Mobile Suit Gundam 0080: War in the Pocket berpusat pada Alfred Izuruha seorang anak berusia 10 tahun yang tinggal di kelompok koloni netral. Seperti kebanyakan anak lelaki seusianya, terobsesi dengan perang antara Federasi Bumi dan Kerajaan Zeon. Tanpa disadari, tetangganya Al Christina adalah seorang pilot uji coba prototipe Gundam. Yang dikembangkan secara rahasia oleh Federasi Bumi di koloni itu. Tim Pasukan Khusus Zeon berkumpul dan bertugas menginfiltrasi koloni untuk mencuri atau menghancurkannya.

Ketika sebuah pertempuran kecil terjadi antara Federasi dan pasukan Zeon yang menyusup. Alfred yang terpesona menemukan jas mobile Zaku yang telah ditembak jatuh. Diujicobakan oleh pendatang baru Zeon Bernard “Bernie” Wiseman. Setelah pertemuan ini, keduanya memulai persahabatan timbal balik, sehingga Alfred dapat belajar lebih banyak tentang perang yang sangat menarik baginya, dan Bernie dapat memperoleh informasi orang dalam tentang koloni untuk membantu misi timnya.