Kidou Senshi Gundam SEED Freedom setelah munculnya gerakan kemerdekaan dan ancaman agresi dari kelompok radikal Blue Cosmos, sebuah organisasi penjaga perdamaian dunia bernama COMPASS dibentuk, dengan Lacus Clyne dipercaya sebagai presiden pertamanya. Bersama anggota lainnya, termasuk Kira Yamato, mereka terlibat dalam berbagai konflik untuk menjaga stabilitas global. Dalam situasi yang semakin memanas, negara baru bernama Foundation mengajukan kerja sama demi melawan ancaman Blue Cosmos.

Kira kembali ke medan perang untuk menghadapi sisa kekuatan Blue Cosmos yang belum sepenuhnya padam, sementara Lacus harus memimpin pasukan gabungan dari berbagai negara di tengah tekanan dan krisis yang terus berkembang. Di balik pertempuran tersebut, timbul pertanyaan penting: apakah jalan hidup yang ditentukan oleh genetik lebih unggul daripada kebebasan memilih? Ketegangan semakin meningkat dengan kemunculan sosok misterius bernama Orphee Lam Tao, yang tak hanya membawa bahaya baru, tapi juga mengguncang hubungan antara Kira dan Lacus.