Muv-Luv Alternative Tiga tahun berlalu setelah kejadian Muv-Luv Unlimited. Saat Takeru Shirogane terbangun, ia merasa apa yang ia dan teman-temannya alami merupakan sebuah mimpi yang menakjubkan dan mendebarkan. Akan tetapi ia merasa ada sesuatu yang aneh mengenai dirinya dan dunia yang kini ia tinggali. Tanpa pikir panjang ia langsung keluar dari rumahnya untuk melihat keadaan, dan benar apa yang ia pikirkan. Rupanya Takeru kembali ke masa sebelum terjadinya Muv-Luv Unlimited.