Ijiranaide, Nagatoro-san setiap hari Hayase Nagatoro menjahili kakak kelas nya yang bernama Naoto Hachiouji. Pertemuan pertama mereka di ruang perpustakaan, ketika Hchiouji ingin mengerjakan PR. Sebuah insenden terjadi tanpa sengaja Hachiouji menjatuhkan manga buatannya sendiri. Setelah diliat oleh Nagatoro, dia pun menjahili Hachiouji dengan bahan manga buatannya. Hachiouji adalah pria pendiam yang menerima semua kejahilan dari Nagatoro. Hal tersebut membuat si Nagatoro semakin kegirangan ketika mengerjainya. Dan pada akhirnya Hachiouji setiap disekolah dia pun dikerjai oleh Nagatoro.