Ganbare! Nakamura-kun!! anime hombreng ini mengikuti kehidupan Okuto Nakamura, seorang siswa yang pemalu dan terlihat murung. Dalam hidupnya, ia hanya memiliki dua hal yang sangat ia hargai, yaitu hewan peliharaannya dan teman sekelasnya yang baik hati, Aiki Hirose. Sejak hari pertama masuk sekolah, Nakamura sudah diam-diam mengagumi Hirose. Namun, karena sifatnya yang kurang percaya diri dan sulit bersosialisasi, ia hanya bisa memperhatikan dari jauh tanpa berani mendekat.

Suatu hari, Nakamura akhirnya mengumpulkan keberanian untuk berbicara dengan Hirose. Sayangnya, percobaan pertamanya justru berakhir dengan kesalahan yang canggung dan lucu, sehingga membuat kesan awalnya menjadi kurang baik. Di sekolah, para siswa sering bekerja sama dalam berbagai kegiatan. Hal ini membuat Nakamura memiliki lebih banyak kesempatan untuk berinteraksi dengan Hirose. Dengan peluang tersebut, ia berusaha memperbaiki kesalahannya dan berharap bisa menjadi teman dekat Hirose.

Apakah Nakamura berhasil mengatasi rasa gugupnya dan menjalin persahabatan yang ia impikan? Kisah ini menghadirkan cerita ringan penuh komedi dan momen manis tentang perjuangan seorang siswa dalam menghadapi rasa percaya diri dan hubungan pertemanan.