Night Head 2041 bercerita tentang Naoto Kirihara dan Naoya Kirihara pasangan adik kakak yang sejak masih muda dipenjara di fasilitas ilmiah yang aman karena mempunyai kekuatan supranatural yang terbilang berbahaya. Singkat cerita setelah sekian lamanya Naoto dan Naoya pun bisa kabur dari tempat tersebut karena penghalang yang mengurung mereka tidak berfungsi dengan baik. Karena keberadaan Kirihara bersaudara yang berbahaya, pemerintah pun mengutus Takuya Kuroki dan Yūya Kuroki.

Serial ini akan berfokus kepada Kuroki bersuadara yang berusaha mengejar Kirihara bersaudara. Nah mampukah Kuroki membereskan tugas yang pemerintah berikan kepada mereka?