Ninja Kamui Joe Higan, seorang Nukenin – ninja yang melarikan diri dari klannya dan menyembunyikan diri bersama keluarganya di pedesaan Amerika, menjalani kehidupan yang damai, menjauh dari masa lalunya yang penuh kekerasan. Namun, ketenangan itu hancur ketika suatu malam, tim pembunuh dari organisasi sebelumnya menyerang mereka sebagai pembalasan atas pengkhianatan Joe terhadap kode kuno mereka. Dari “kematiannya,” Joe bangkit kembali sebagai dirinya yang dulu – Ninja Kamui – dengan tujuan membalaskan dendam keluarganya dan teman-temannya.

Kamui, ninja abad ke-21, menjadi bayangan yang bertentangan dengan persenjataan berteknologi tinggi dengan keterampilan kunonya yang brutal. Dia harus menghadapi pembunuh terlatih, cyborg tempur, dan ninja saingan untuk menghancurkan klan yang membentuknya dan mencapai tujuannya.