Ninja to Koroshiya no Futarigurashi salah satu anime manis musim ini akan berpusat pada Satoko Kusagakure adalah seorang ninja yang memutuskan untuk meninggalkan desanya bersama rekan-rekannya. Tak lama kemudian, ia berakhir tinggal bersama Konoha, seorang siswi SMA yang juga bekerja sebagai pembunuh bayaran di kota. Satoko memiliki kemampuan unik—ia bisa mengubah berbagai benda menggunakan ninjutsu, hal yang langsung menarik perhatian Konoha.

Keduanya akhirnya membuat kesepakatan: Satoko boleh tinggal bersama Konoha, asalkan ia membantu membersihkan jejak dari setiap “pekerjaan” Konoha. Hidup mereka pun jadi penuh warna—mulai dari menghadapi para pembunuh yang dikirim dari desa asal Satoko, menikmati makanan enak hasil bayaran dari pekerjaan mereka, hingga menghadapi kekacauan dan keanehan hidup sehari-hari. Di balik semua itu, tersimpan kisah persahabatan unik dan hangat antara dua gadis dengan latar hidup yang sangat berbeda.