Monster Musume no Oishasan anime ini akan berlatar belakang di dunia, dimana ada manusia dan makhluk setengah binatang atau monster. Selama ratusan tahun ras manusia dan para monster bertarung satu sama lain, entah penyebab awalnya peperangan tersebut. Tetapi karena kedua pihak sudah saling lelah dalam berperang, ada sebuah harapan untuk mereka hidup berdampingan. Dan di sebuah kota bernama Lindworm, manusia dan para monster bisa hidup berdampingan satu sama lain.

Di salah satu sudut kota tersebut ada sebuah klinik yang urus oleh seorang dokter manusia muda, klinik itu di khususkan untuk para monster. Dia bernama Dr. Glenn merupakan dokter spesialis monster yang bekerja bersama asistennya lamia bernama Sapphee. Anime ini mengikuti kisah Dr. Glenn bersama Sapphee dalam menangani bermacam-macam pasien gadis monster, dari mulai centaur yang terluka karena pertempuran, cidera putri duyung, hingga menjahit luka golem. Dr. Glenn melakukan pekerjaannya dengan cekatan dan percaya diri.