Otaku no Video Berkisah agak mirip kisah nyata pendirian Gainax, Otaku no Video membahas segala hal tentang gaya hidup otaku. Ken Kubo, pemuda yang awalnya menjalani kehidupan biasa, tiba-tiba terperangkap dalam lingkaran otaku. Secara perlahan, dia mulai mengadopsi gaya hidup mereka hingga akhirnya memutuskan untuk meninggalkan kehidupan lamanya demi menjadi raja otaku—otaking!

Dalam campuran kisah ini, terdapat wawancara live-action dengan otaku sungguhan, membahas setiap aspek kehidupan otaku hardcore. Tak hanya penggemar anime dan manga, tapi juga penggemar sci-fi, penggemar militer, dan kelompok geek Jepang lainnya turut dibahas.