Senpai wa Otokonoko Movie: Ame Nochi Hare melanjutkan cerita sebelumnya ; Sudah hampir setahun sejak pertemuan pertama antara Makoto, Saki, dan Ryuuji. Di tengah liburan musim semi, tiap siswa menghadapi kekhawatiran masing-masing dan perlahan berubah. Makoto mulai menyadari bahwa ia punya perasaan pada Saki. Sementara itu, Saki bepergian ke Hawaii untuk bertemu ayahnya, Yuuji, yang tiba-tiba bertanya kepadanya: apakah ia ingin tinggal bersamanya?

Saki pun mulai merenungkan apa yang benar-benar penting dalam hidupnya. Di sisi lain, Makoto dan Ryuuji juga dihadapkan pada pilihan tentang masa depan mereka masing-masing. Pada movienya ini berkisah tentang ketiganya Makoto, Saki, dan Ryuuji yang harus memilih jalan mereka sendiri, menghadapi perasaan, harapan, dan tanggung jawab, sembari menjaga ikatan mereka satu sama lain.