Persona: Trinity Soul Kota Ayanagi adalah sebuah kota dekat Laut Jepang. Sebuah kota futuristik yang dibangun untuk melaksanakan pemulihan dari bencana yang disebabkan oleh “Apatisme Syndrome”. Sepuluh tahun sebelumnya. Siswa SMA Shin Kanzato dengan adiknya Juni, bertemu dengan kakak mereka Ryou, yang merupakan Kepala Kepolisian Kota Ayanagi, setelah sepuluh tahun.