Project A-Ko Tiga minggu setelah kejadian yang membuat kapal Kapten Napolipolita terombang-ambing di atas Graviton City, A-Ko dan kawan-kawannya pergi berlibur musim panas. Sementara A-Ko merenungkan penurunan berat badannya dan B-Ko menyusun rencana baru untuk mengalahkan saingannya yang berambut merah demi memenangkan C-Ko, Napolipolita dan Spy-D merasakan kerinduan yang mendalam – mencari cara untuk kembali ke planet asal mereka. Sementara itu, Hikari Daitokuji – ayah B-Ko dan CEO Daitokuji Financial Group – melengkapi militer lokal dengan mecha baru untuk menyerang kapal Napolipolita dan mendapatkan teknologinya yang canggih.