Ro-Kyu-Bu! menceritakan kisah Hasegawa Subaru, seorang siswa SMA Nanashiba yang gemar bermain basket. Namun, klub basket sekolahnya harus dihentikan sementara akibat sebuah skandal serius yang membuat dewan guru murka. Akibatnya, Subaru tidak bisa mengikuti kegiatan klub selama satu tahun penuh.

Di tengah kekecewaannya, Subaru mendapat tawaran dari bibinya yang merupakan guru sekolah dasar. Ia diminta untuk melatih tim basket putri di sekolah tersebut. Awalnya terpaksa menerima, Subaru akhirnya membimbing lima siswi yang berusaha mempertahankan klub mereka agar tidak dibubarkan karena belum memiliki prestasi. Tantangan yang ia hadapi tidak mudah, bahkan mengingatkannya pada masalah di klub lamanya.

Meski begitu, semangat dan bakat Minato Tomoka yang sangat mencintai basket membuat Subaru kembali termotivasi. Ia pun bertekad membantu tim kecil ini berkembang dan meraih kemenangan. Mampukah Subaru menyelamatkan klub basket putri tersebut, atau nasibnya akan berakhir sama seperti klubnya di SMA?