Sakurasou no Pet na Kanojo bercerita tentang Kanda Sorata yang merupakan siswa biasa yang di buang dari asramanya karena telah melanggar peraturan yaitu membawa kucing ke dalam asrama . Karena hal tersebut dirinya di pindahkan kesebuah kos-kosan Sakuraka yang di peruntukan untuk anak bermasalah . Di sana dia pun harus beradaptasi dengan beberapa anak yang aneh di kos-kosan tersebut .

Tapi hidupnya sedikit berubah ketika dirinya bertemu dengan Shiina Mashiro seorang anak pindahan dari luar negri. Mashiro adalah seorang gadis yang pendiam dan sangat anggun tapi di balik kesempurnaannya dia adalah gadis yang pemales . Oleh karena itu Sorata di suruh oleh guru pengawas di kosan tersebut untuk menjaga Mashiro . Disinilah Sorata tau betapa keras dan tidak adilnya hidup ini .