Seisen Cerberus: Ryuukoku no Fatalite nime membawa cerita yang bersetting di sebuah benua yang dikendalikan oleh pedang sihir Kunaaan. Kedamaian pemerintahan dijaga kuat oleh tiga kerjaan utama: Amoria Holy Kingdom, Kerajaan Ishilfen dan Vanrodis. Namu suatu hari karena sebab yang belum diketahui ketiga kerajaan ini malah saling menghancurkan. Ditambah lagi, serangan jahat Dragonzord. Dua penyihir dengan hati murni mencoba menyegel kekuatan sang naga bersama satu pasukan penyihir yang berhasil mereka kumpulkan, tetapi mereka gagal. Sampai pada suatu ketika, diketahui bahwa anak dari dua penyihir tadi, bernama Heero diselamatkan oleh Guillou. Enam belas tahun kemudian Heero bersumpah untuk membalaskan dendam kedua orang tuanya dan membunuh sang Naga, dengan bantuan Guillou iapun memulai perjalanan panjang menakhlukkan si jahat.