Shadows House berlatar belakang di Keluarga Shadow yang tak berwajah hidup di mansion mewah. Disana juga ditempati oleh boneka-boneka hidup yang menghabiskan waktunya membersihkan kotoran yang tak pernah habis dari majikan misteriusnya.

Anime ini akan mengikuti kisah Emilico, boneka hidup yang ceria ketika dia melaksanakan tugasnya sebagai pelayan Nona Shadow Kate. Emilico sendiri adalah gadis yang periang, optimis, peduli, pintar, selalu mau belajar namun agak ceroboh. Karena sifat dia yang berbeda dari boneka-boneka hidup lainnya, membuat sering di timpa masalah. Majikannya sendiri Nona Kate adalah yang baik dan mengerti tentang sifatnya Emilico, walaupun terkadang Nona Kate agak kesal dengan sifat yang dimilikinya. Inilah kisah Emilico dan Nona Kate di mansion mewah milik keluarga Shadow.