Shin Samurai-den Yaiba versi remake dari anime yang tayang pada tahun 1993 dengan judul Yaiba. Yaiba Kurogane adalah seorang bocah tangguh yang sejak kecil hidup di hutan, berlatih keras setiap hari demi menjadi seorang samurai sejati. Suatu hari, karena suatu kejadian tak terduga, ia kembali ke Jepang dan tinggal bersama keluarga Mine—keluarga yang memiliki hubungan lama dengan ayahnya, Kenjuro.

Putri keluarga Mine, Sayaka, awalnya kebingungan menghadapi sikap dan tingkah laku Yaiba yang aneh dan jauh dari kata normal. Meski begitu, mereka akhirnya tinggal bersama dan menjalani kehidupan sehari-hari yang penuh kekacauan dan kejutan.

Segalanya berubah saat Yaiba mengunjungi sekolah Sayaka dan bertemu dengan Takeshi Onimaru, seorang ahli kendo yang berbakat. Pertemuan itu memicu pertarungan dan persaingan yang intens antara mereka. Dari pertarungan itu pula, kekuatan besar yang telah lama tersegel kembali bangkit: dua pedang legendaris, “Pedang Dewa Petir” dan “Pedang Dewa Angin”—senjata kuno yang konon pernah mengguncang dunia.

Dengan kekuatan besar itu kini kembali muncul di tangan para petarung muda, pertarungan sesungguhnya pun dimulai. Kisah petualangan penuh aksi, komedi, dan semangat samurai Yaiba dimulai dari sini!